La principal diferència entre el glifosat i el paraquat rau en els seus modes d'acció i aplicacions:

Mode d'acció:

Glifosat: actua inhibint un enzim implicat en la síntesi d'aminoàcids essencials, alterant així la producció de proteïnes a les plantes.Aquesta acció condueix a efectes sistèmics, fent que les plantes es marceixin i morin de dins cap a fora.

Paraquat: actua com un herbicida de contacte no selectiu, provocant una ràpida dessecació i la mort del teixit de la planta verda en contacte.El paraquat altera la fotosíntesi generant radicals lliures tòxics als cloroplasts, provocant danys als teixits i la mort de les plantes.

Selectivitat:

Glifosat: és un herbicida sistèmic que mata una àmplia gamma de plantes, tant herbes com males herbes de fulla ampla.Sovint s'utilitza en l'agricultura, el paisatgisme i les zones no conrees.
Paraquat: és un herbicida no selectiu que mata la majoria dels teixits de les plantes verdes en contacte.S'utilitza principalment en zones no cultivades, com ara en males herbes en llocs industrials, al costat de carreteres i en entorns no agrícoles.

Toxicitat:

Glifosat: es considera que té una baixa toxicitat per a humans i animals quan s'utilitza segons les instruccions de l'etiqueta.Tanmateix, hi ha un debat i una investigació en curs sobre els seus possibles impactes ecològics i sanitaris.
Paraquat: és altament tòxic per a humans i animals i pot causar intoxicació greu si s'ingereix o s'absorbeix a través de la pell.A causa de la seva alta toxicitat, el paraquat està subjecte a estrictes regulacions i precaucions de manipulació.

Persistència:

Glifosat: normalment es degrada amb relativa rapidesa en el medi ambient, depenent de factors com el tipus de sòl, la temperatura i l'activitat microbiana.
Paraquat: és menys persistent en el medi ambient en comparació amb el glifosat, però encara pot persistir al sòl i a l'aigua en determinades condicions, cosa que suposa un risc potencial per als organismes no objectiu.

En resum, si bé tant el glifosat com el paraquat són herbicides molt utilitzats, es diferencien en els seus modes d'acció, selectivitat, toxicitat i persistència, el que els fa adequats per a diferents aplicacions i estratègies de gestió.